Początki osadnictwa na terenie wsi Mortęgi nie są znane. Wiadomo, że w XIV wieku Mortęgi były wsią szlachecką zorganizowaną na prawie polskim. Wielki mistrz Zakonu Krzyżackiego Michał Küchmeister nadał Mortęgom prawa chełmińskie
Wielki Mistrz Dietrich von Altenburg nadał dobra w Mortęgach Ludwikowi z Krzykos (później w 1402 r. Ludwika z Mortęg), który dał początek rodowi Mortęskich
Z rodu tego wywodziło się kilka znanych historii postaci, między innymi dwaj wojewodowie chełmińscy oraz patronka Pałacu Magdalena Mortęska (ur. 1554 r.), która założyła w Chełmnie przy klasztorze szkołę z internatem dla panien szlachcianek i mieszczanek. Do szkoły tej zjeżdżały panny z całej Korony i Litwy
W latach 1615- 1630 właścicielami majątku była rodzina Żalińskich, następnie majątek objął Stanisław II Działyński
Od 1667 roku właścicielem Mortęg został Stanisław Narzymski, następnie majątek przeszedł w ręce niemieckie. Pałac i park powstały około połowy XIX wieku
Od 1880 r. do 1945 roku właścicielami Mortęg była rodzina Geigerów
Po parcelacji majątku w 1945 r. Pałac do 1947 r. stał pusty, a następnie w latach 1947-50 mieścił się w nim Uniwersytet Ludowy
Od 1950 r. do 2013 r. w Pałacu znajdowały się pomieszczenia biurowe Rolniczej Spółdzielni Produkcyjnej „Przyszłość” w Mortęgach, a w latach 1950-1960 szkoła podstawowa i w latach 1977 - 1979 przedszkole
