W wieku 12 lat Magdalena złożyła śluby czystości. Już wtedy myślała o wstąpieniu do klasztoru benedyktynek, co spotkało się ze zdecydowanym sprzeciwem ojca, który wysłał ją do rodzinnego dworu w Mortęgach. Zastosował wobec niej surowe sankcje, między innymi zakaz nauki czytania i pisania, co miało uniemożliwić wstąpienie do klasztoru. Ta, nie mogąc pogodzić się z decyzją ojca, znalazła nauczyciela w osobie pisarza dworskiego i księgowego o imieniu Grzegorz. Inteligentna i chłonna wiedzy Magdalena w zaledwie kilka tygodni nauczyła się liter. Często uczestniczyła w nabożeństwach w kościele farnym w Lubawie. W 1578 r. wbrew woli ojca, pod pretekstem wyjazdu na nauki, wstąpiła do chełmińskiego klasztoru benedyktynek.
W roku 1579 Matka Magdalena Mortęska została przełożoną klasztoru KSIENIĄ. Jako gorliwa i bogobojna osoba zajęła się odbudową życia zakonnego. Dzięki swojej wierze i przedsiębiorczości wyprowadziła zakon benedyktynek z kryzysu. Zreformowała Regułę św. Benedykta i położyła wielki nacisk na kształcenie tak mniszek, jak i uczennic. Kładła duży nacisk na wykształcenie mniszek, które odtąd musiały nauczyć się czytania i pisania po polsku oraz łacinie. Działania te przyczyniły się do wzrostu poziomu edukacji wśród kobiet pochodzenia szlacheckiego i mieszczańskiego. W 1589 r. Matka Magdalena przejęła też prowadzenie cysterskiego klasztoru w Żarnowcu, który zmieniony został na benedyktyński decyzją biskupa Hieronima Rozrażewskiego, mając na to upoważnienie z Rzymu i obsadziła mniszkami z Chełmna. W 1590 r. został obsadzony przez Matkę Magdalenę, jako pierwsza jej nowa fundacja, klasztor w Nieświeżu. W 1603 r. ufundowała klasztor w Bysławku, a w 1604 r. został jej podporządkowany klasztor we Lwowie. W latach 1604-1624 powstały z jej inicjatywy m.in. klasztory w Poznaniu, Jarosławiu, Sandomierzu, Sierpcu. W sumie kongregacja chełmińska za jej życia liczyła 22 klasztory. Ufundowała także bursę w Poznaniu dla seminarzystów, którzy mieli po święceniach być kapelanami u zakonnic. W 1593 r. uczestniczyła w fundacji kolegium jezuickiego w Toruniu. Po kilku latach klasztory w Chełmnie i Toruniu rozwinęły się do tego stopnia, że Matka Mortęska zaczęła wysyłać swoje siostry do innych domów zakonnych na terenie Polski, aby i tam wprowadzić podobne reformy.
